En la época prehispánica, la población de Oxkutzcab "lugar de ramón, tabaco y miel", fue fundada por el grupo maya Xiú después que éste abandonó la ciudad-estado de Maní.
Formó parte del cacicazgo de Maní de Tutul Xiú. En 1548, los frailes franciscanos Luis Villalpando y Melchor de Benavente se establecen en Oxkutzcab e inician su labor de evangelización.
Durante la colonia, bajo el régimen de encomienda, estuvo a cargo de los encomenderos Hernando Muñoz Zapata en 1577; Juana y Francisca de la Parra, María de Solís Castillo y Cano y María Nieves Bermejo y Solís, con 346 indios, en 1735. Perteneció al partido de Sierra alta a partir de 1825.
En 1847, el territorio municipal fue escenario de combates durante la Guerra de Castas.

El escudo fue diseñado por el dibujante Eliseo Martín Burgos a solicitud del Ayuntamiento, y se presentó oficialmente a la población el 20 de Noviembre de 1986. Tiene en su parte central la imagen de una naranja; a los lados un árbol de ramón y una rama de taqbaco. En la parte inferior es visible un panal de miel y en la superior tres flores de naranjo con la leyenda "Tres veces fértil". El escudo contiene los elementos en torno a los cuales se organiza la vida de los habitantes del municipio.